Chương trình giáo dục đại học tiêu chuẩn của TDTU gồm có:

(1) Chương trình đào tạo các cử nhân trình độ đại học chính quy; đạt chuẩn đầu ra bậc 6/8 theo khung trình độ quốc gia Việt Nam; 

(2) Chương trình đào tạo các ngành chuyên sâu đặc thù cấp bằng kỹ sư/kiến trúc sư/dược sĩ; đạt chuẩn đầu ra bậc 7/8 khung trình độ quốc gia Việt Nam;

Các chương trình đào tạo của TDTU đạt chuẩn đầu ra theo công bố của Trường và đáp ứng yêu cầu hội nhập trong khu vực và thế giới.

Trường Đại học Tôn Đức Thắng tổ chức đào tạo Chương trình đại học theo hướng luân chuyển Campus, trong đó 2 năm đầu sinh viên học tại Đại học Tôn Đức Thắng ở Nha Trang, Bảo Lộc, Cà Mau theo chương trình đại học tiêu chuẩn áp dụng cho tất cả sinh viên chính quy của Trường. Đội ngũ giảng viên từ cơ sở TP.HCM trực tiếp giảng dạy. Sinh viên sẽ được hưởng nhiều chính sách ưu đãi về học phí, ký túc xá tại cơ sở.