Chương trình đào tạo (CTĐT) thạc sĩ ngành Công nghệ sinh học (CNSH) được xây dựng trên cơ sở đối sánh với CTĐT của các trường đại học uy tín trong và ngoài nước. Đội ngũ giảng viên có trình độ chuyên môn cao, nhận học vị tiến sĩ từ các cơ sở đào tạo danh tiếng trong và ngoài nước.
CTĐT ngành CNSH theo định hướng nghiên cứu và định hướng ứng dụng, đặt mục tiêu đào tạo học viên có trình độ chuyên sâu về CNSH, có khả năng vận dụng kiến thức để triển khai các nghiên cứu cũng như giải quyết các vấn đề thực tiễn liên quan đến CNSH.
Với định hướng nghiên cứu, học viên có cơ hội giao lưu, học hỏi và làm việc với các thành viên nhóm nghiên cứu mạnh của Khoa Khoa học ứng dụng, Trường Đại học Tôn Đức Thắng, các viện nghiên cứu ký kết hợp tác với Khoa, có khả năng thực hiện nhiệm vụ khoa học công nghệ các cấp và công bố các công trình khoa học. CTĐT có định hướng ứng dụng cao, được thiết kế với 03 chuyên đề nghiên cứu chuyên sâu (9 tín chỉ) và 1 luận văn thạc sĩ (15 tín chỉ) có các chủ đề được cập nhật từ các hướng nghiên cứu mới nhất trên thế giới.
Với định hướng ứng dụng, học viên có cơ hội thực tập thực tế tại các doanh nghiệp. Học viên được khuyến khích thực hiện đề án tốt nghiệp dựa trên bài toán thực tế do doanh nghiệp đặt hàng. Doanh nghiệp có thể tham gia hướng dẫn, cung cấp dữ liệu và/hoặc hỗ trợ trang thiết bị nghiên cứu trong quá trình thực hiện đề án tốt nghiệp. CTĐT có định hướng ứng dụng cao, được thiết kế với 02 học phần thực tập (tổng cộng 08 tín chỉ) và 01 đề án tốt nghiệp (9 tín chỉ) liên quan đến việc ứng dụng CNSH vào giải quyết các vấn đề thực tiễn.