Chương trình đào tạo Thạc sĩ Kỹ thuật hóa học được xây dựng trên cơ sở đối sánh với chương trình đào tạo của nhiều trường đại học uy tín nằm trong TOP 100 của Thế Giới, cũng như xem xét điều kiện và tình hình thực tế ở Việt Nam.
Chương trình đào tạo có định hướng nghiên cứu và định hướng ứng dụng nhằm mục đích đào tạo học viên có trình độ chuyên sâu của ngành Hóa học. Học viên sau khi tốt nghiệp thạc sĩ kỹ thuật hóa học có khả năng khả năng phân tích, đánh giá và xử lý các vấn đề khoa học và công nghệ trong lĩnh vực Hóa học, có khả năng tiếp cận và tham gia quản lý các đề tài, dự án nghiên cứu thuộc lĩnh vực Hóa học, có kỹ năng tự phát triển chuyên môn, tự nghiên cứu để nâng cao trình độ; kỹ năng giải quyết các yêu cầu công việc cụ thể thuộc lĩnh vực Hóa học, kết hợp với kỹ năng làm việc nhóm và làm việc theo tiêu chuẩn quốc tế. Hiểu và vận dụng được các kiến thức về phương pháp phân tích, xử lý kết quả phân tích, sử dụng kiến thức về nhiệt động học, xúc tác … để thực hiện đề tài nghiên cứu hoặc sản xuất cụ thể.
Chương trình đào tạo trang bị kiến thức sâu về phương pháp nghiên cứu khoa học, phương pháp phân tích, nghiên cứu; hiểu và vận dụng hợp lý phương pháp nghiên cứu, kỹ thuật tổ chức các thí nghiệm, khả năng phân tích số liệu, đọc kết quả nghiên cứu thuộc các lĩnh vực như: tổng hợp hữu cơ, hóa dược, hợp chất tự nhiên, vật liệu nano, xúc tác, vật liệu tiên tiến…Bên cạnh đó sau tốt nghiệp học viên có khả năng phân tích, đánh giá xử lý được những vấn đề trong lĩnh vực Công nghệ Hóa học, khả năng tiếp cận và tham gia quản lý các đề tài, dự án thuộc lĩnh vực Hóa và Kỹ thuật hóa, khả năng kế thừa, tìm tòi kỹ thuật, công nghệ mới trong quá trình nghiên cứu khoa học.