Chương trình đào tạo sau đại học ngành Kỹ thuật Xây dựng gồm chương trình Thạc sĩ và Tiến sĩ đào tạo chuyên gia, nhà khoa học ở một chuyên ngành hay lĩnh vực của ngành xây dựng. Người tốt nghiệp các chương trình này có khả năng mở rộng và ứng dụng kiến thức cơ bản và cơ sở ngành và chuyên ngành một cách linh hoạt; Thực hiện các nghiên cứu và đề xuất các giải pháp sáng tạo để giải quyết các vấn đề khoa học và công nghệ trong lĩnh vực Kỹ thuật Xây dựng; Giải quyết những yêu cầu thực tiễn về thực hành và thiết kế, thi công, quản lý xây dựng trong các bối cảnh khác nhau; Có trình độ cao về lý thuyết và năng lực thực hành phù hợp, có khả năng nghiên cứu độc lập, sáng tạo; Có khả năng thiết lập và giải quyết được những vấn đề mới có ý nghĩa khoa học và hướng dẫn nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực Xây dựng; Thích ứng với sự thay đổi, tiếp tục phát triển chuyên môn qua việc học tập suốt đời, có thái độ làm việc chuyên nghiệp, trách nhiệm xã hội và đạo đức nghề nghiệp. Với định hướng cập nhật công nghệ tiên tiến và xu thế phát triển bền vững, ngành học còn tập trung vào các chủ đề hiện đại như vật liệu xây dựng mới, kết cấu tối ưu, kỹ thuật nền móng, sửa chữa và gia cố công trình, …. Đặc biệt, Chương trình được xây dựng dựa trên cơ sở nghiên cứu chọn lọc những nội dung cốt lõi phù hợp của các chương đào tạo tương ứng từ các nước tiên tiến trên thế giới như Singapore, Pháp, Úc, Đài Loan. Sau khi tốt nghiệp, học viên có thể đảm nhận vai trò chuyên gia, cán bộ nghiên cứu, giảng viên đại học, hoặc nhà quản lý kỹ thuật tại các doanh nghiệp xây dựng, viện nghiên cứu, cơ quan nhà nước và tổ chức quốc tế.