Ngoài các kiến thức cơ bản về thành phần, tính chất hóa lý và sinh học của nguồn nước và nước thải; các nội dung liên quan đến công tác bảo vệ nguồn tài nguyên nước, sinh viên còn được trang bị các kỹ năng chuyên ngành về tính toán thiết kế các công trình thủy lực, hệ thống xử lý nước cấp, nước thải sinh hoạt và nước thải công nghiệp; kỹ năng tính toán thiết kế, quản lý mạng lưới cấp thoát nước bên trong và ngoài công trình; kỹ năng vận hành, bảo dưỡng và tự động hoá các công trình cấp thoát nước. Ngoài ra, sinh viên còn được trang bị kỹ năng sử dụng các phần mềm chuyên nghiệp để thiết kế các mô hình cấp thoát nước ứng dụng trực tiếp vào thực tiễn.

Chương trình học là được đào tạo theo hướng ứng dụng với hơn 40% thời lượng sinh viên được học tại doanh nghiệp hoặc các khu vực thực hành được trang bị đầy đủ hệ thống xử lý cấp thoát nước hiện đại. Trong quá trình học, sinh viên được tham gia các học phần, dự án nghiên cứu cùng chuyên gia, giảng viên trong và ngoài nước.

Thông qua các buổi hội thảo chuyên đề nghiên cứu ứng dụng, các buổi sinh hoạt học thuật hoặc cán dự án nghiên cứu khoa học đầy tiềm năng dưới sự dẫn dắt của các chuyên gia hàng đầu tại các doanh nghiệp, sinh viên được tạo điều kiện để tham gia học hỏi, thiết kế, thi công và vận hành các công trình cấp thoát nước ở đô thị, quản lý các chương trình, dự án cấp thoát nước, ứng dụng tiến bộ của ngành cấp thoát nước trong tính toán thiết kế và quản lý mạng lưới cấp thoát nước, vận dụng các kỹ thuật xử lý nước cấp, xử lý nước thải sinh hoạt và nước thải công nghiệp. Đặc biệt, sinh viên có từ 5 - 6 tháng tham gia kiến tập tại các công ty Việt Nam và tập đoàn đa quốc gia để làm quen với môi trường và văn hoá làm việc, tích luỹ kinh nghiệm thực tế và nâng cao năng lực chuyên môn.

Sinh viên ngành Công nghệ kỹ thuật môi trường sau khi tốt nghiệp có đầy đủ kiến thức và kỹ năng để vận dụng hệ thống văn bản pháp luật, các kiến thức về kinh tế cho hoạt động tư vấn, thiết kế, xây dựng cơ sở hạ tầng cấp thoát nước và các công trình bảo vệ môi trường; biết xác định các giải pháp kỹ thuật tối ưu trong các công trình hạ tầng cơ sở cấp thoát nước, các công trình ngăn ngừa ô nhiễm và xử lý chất thải; ứng dụng kiến thức chuyên ngành để thiết kế, thi công vận hành và bảo dưỡng các công trình xử lý chất thải, mạng lưới cấp thoát nước cho một khu vực hoặc một công trình cụ thể; xây dựng chương trình kiểm soát ô nhiễm môi trường và chương trình vận hành, quản lý hệ thống cấp thoát nước tại doanh nghiệp và địa phương, …